Tag: Alinhamento estrutural
Alinhamento de estruturas 3D com TM-align
Reading Time: 5 minutes TM-align é um algoritmo desenvolvido para identificar o melhor alinhamento possível entre um par de proteínas através de uma matriz de rotação construída com o TM-Score e programação dinâmica [3]. Ele é descrito como mais rápido, com maior precisão e cobertura que algoritmos conceituados como DALI [7] e CE [8]. O…
Alinhamento de estruturas 3D com o software Multiprot
Reading Time: 3 minutes MultiProt é um software automatizado e eficiente para detecção de múltiplos alinhamentos estruturais de proteínas. Seu princípio básico visa encontrar os núcleos geométricos comuns entre as moléculas de entrada. Isso não exige que todas as moléculas de entrada participem do alinhamento, o que permite que o algoritmo seja mais rápido e…
Alinhamentos estruturais
Reading Time: 11 minutes Conheça os métodos de sobreposição de estruturas de macromoléculas
Alinhando estruturas por linha de comando com PyMOL
Reading Time: 3 minutes PyMOL é uma ferramenta de visualização de moléculas com uma grande quantidade de recursos em sua interface. Dentre esses recursos, se encontra o painel do terminal de linha de comandos. Por meio desse terminal é possível realizar inúmeras análises, como por exemplo, alinhamento de estruturas. Esse tipo de alinhamento pode ser…
Alinhamentos híbridos com PROMALS3D
Reading Time: 2 minutes Ao acessar a página do PROMALS3D, o usuário encontrará a seguinte interface (Figura 37). PROMALS3D permite usar como entrada sequências no formato FASTA. Opcionalmente, o usuário pode utilizar como entrada arquivos de estruturas de proteínas ou apenas informar o código identificador no PDB. Para executar, basta clicar no botão “Submit”. Após…
Alinhamento de estruturas 3D com o software MUSTANG
Reading Time: 3 minutes MUSTANG (MUltiple protein STructural AligNment alGorithm) [10] é um software desenvolvido para realizar alinhamento estrutural múltiplo de proteínas (Figura 33). Possui código-aberto desenvolvido em C++. Sua estratégia de alinhamento sobrepõe as estruturas a partir das posições espaciais dos carbonos alfa (Cα) dos aminoácidos. O seu algoritmo utiliza uma heurística progressiva em…
