Categoria: Tutoriais
Aula #02 – HTML
Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Neste artigo, você irá aprender sobre a linguagem HTML. HTML (Hypertext Markup Language ou na tradução para o português Linguagem de Marcação de Hipertexto).
Target-based virtual screening com AutoDock Vina
Reading Time: 12 minutes A técnica de virtual screening (VS) tornou-se uma ferramenta importante para identificação de potenciais fármacos ou novos usos de fármacos já aprovados. Dentre as vantagens, a diminuição dos custos no processo de desenvolvimento de fármacos torna a ferramenta extremamente atrativa, uma vez que, são realizadas simulações computacionais da interação entre moléculas.…
Como começar na Bioinformática?
Reading Time: 11 minutes A Bioinformática é uma ciência que vem crescendo ao longo dos anos, o que faz com que a adesão profissional nesta área seja altamente necessária. Mas caso você esteja iniciando na área, por onde se deve começar? Como dar o pontapé inicial? Como criar uma formação multidisciplinar e buscar aprimoramento? Esse…
Alinhamento de estruturas 3D com PyMOL
Reading Time: 8 minutes PyMOL fornece diversos métodos para alinhamento estrutural de moléculas tanto por meio de sua interface simplificada quanto por meio de seu terminal de linhas comando. Para compreender como ele funciona na prática, vamos apresentar a seguir, uma série de estudos de caso utilizando-o para realizar alinhamentos de estruturas. Estudo de caso…
Alinhamento de estruturas 3D com o software Multiprot
Reading Time: 3 minutes MultiProt é um software automatizado e eficiente para detecção de múltiplos alinhamentos estruturais de proteínas. Seu princípio básico visa encontrar os núcleos geométricos comuns entre as moléculas de entrada. Isso não exige que todas as moléculas de entrada participem do alinhamento, o que permite que o algoritmo seja mais rápido e…
Tutorial: modelagem de proteínas usando MODELLER
Reading Time: 12 minutes Nesta seção será abordado a ferramenta MODELLER. O MODELLER é um software com vários pacotes criado por Andrej Sali e Tom L. Blundell em 1989 [14]. O MODELLER é uma ferramenta gratuita com uso restrito a linha de comando e não possui interface gráfica de usuário. Atualmente, o MODELLER utiliza a…
Modelagem de proteínas usando SWISS-MODEL
Reading Time: 4 minutes Nesta seção, será abordado a ferramenta SWISS-MODEL. Diferentemente do MODELLER, SWISS-MODEL é um servidor web que possui interface gráfica. Seu algoritmo também é diferente, pois utiliza regiões estruturais conservadas para construção dos modelos pelo método de união dos corpos rígidos. Porém, o SWISS-MODEL também parte do princípio de que proteínas homólogas…
Tutorial: modelagem de proteínas com I-TASSER
Reading Time: 6 minutes Um dos programas mais populares de Threading é o I-TASSER [28,30], que foi premiado diversas vezes na competição CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction). O I-TASSER (Figura 24) está disponível como um servidor web para predição automatizada de estrutura de proteínas e suas respectivas funções. A identificação dos moldes a…
Modelagem de proteínas ab initio com ROBETTA
Reading Time: 4 minutes A seguir, vamos utilizar o servidor web ROBETTA (http://robetta.bakerlab.org) para a modelagem de estruturas proteicas (Figura 33). O servidor utiliza a implementação automatizada do programa ROSETTA (https://www.rosettacommons.org/) no qual é possível realizar tanto modelagem comparativa quanto ab initio. A metodologia ROSETTA baseia-se em dividir a sequência em fragmentos de tamanho entre…
Alinhamento de estruturas 3D com o software MUSTANG
Reading Time: 3 minutes MUSTANG (MUltiple protein STructural AligNment alGorithm) [10] é um software desenvolvido para realizar alinhamento estrutural múltiplo de proteínas (Figura 33). Possui código-aberto desenvolvido em C++. Sua estratégia de alinhamento sobrepõe as estruturas a partir das posições espaciais dos carbonos alfa (Cα) dos aminoácidos. O seu algoritmo utiliza uma heurística progressiva em…
