Categoria: Computação
Por que usar testes estatísticos na sua pesquisa, e quais os mais comuns?
Reading Time: 6 minutes Nota-se um déficit de conhecimento em estatística no meio acadêmico. O conhecimento em estatística é fundamental para nortear o desenho experimental de um projeto e para a compreensão de artigos científicos. Aqui, forneceremos conceitos básicos de estatística e coleta de dados para então descrever as etapas para a realização dos testes…
Inteligência Artificial aplicada à Bioinformática
Reading Time: 15 minutes Nos últimos anos, a Inteligência Artificial tem sido uma ferramenta essencial em diversas áreas de estudo e também de mercado. Suas aplicações vão desde automatização de tarefas humanas, passando por recomendação de conteúdos até a predição de eventos futuros. Muitas dessas aplicações têm contribuído com avanços em pesquisas biológicas e também…
Biopython: manipulando dados biológicos usando Python e Colab
Reading Time: 6 minutes Neste artigo, será apresentada uma breve introdução prática a manipulação de dados biológicos usando Biopython. Para implementação dos exemplos, iremos utilizar a plataforma Colab do Google Research. Revisão: BIOINFO – Revista Brasileira de Bioinformática. Edição #. . DOI: Neste artigo, será apresentada uma breve introdução prática a manipulação de dados biológicos…
Introdução aos bancos de dados biológicos
Reading Time: 10 minutes O conhecimento biológico é armazenado através de bancos de dados. O fundamento mais importante para a bioinformática aplicada é a coleta de dados de sequência e suas informações biológicas associadas. Revisão: BIOINFO – Revista Brasileira de Bioinformática. Edição #. . DOI: O conhecimento biológico é armazenado através de bancos de dados.…
Métricas de avaliação em machine learning
Reading Time: 8 minutes Neste artigo, veremos as principais métricas para avaliação de modelos de classificação de dados, como acurácia, sensibilidade (recall ou revocação), especificidade, precisão e F-score. Revisão: BIOINFO – Revista Brasileira de Bioinformática. Edição #. . DOI: Ao construir um classificador usando machine learning, um desenvolvedor deve se perguntar o quão bom é…
Genetic active site search (GASS)
Reading Time: 5 minutes Esta seção apresenta com detalhes uma metodologia para a busca de sítios catalíticos similares através de informações estruturais de proteínas. O método Genetic Active Site Search (GASS) [2] utiliza um algoritmo genético (AG) para a busca de sítios catalíticos baseados em templates. Izidoro et al. (2014) [2] definem o problema de…
Algoritmos Genéticos
Reading Time: 15 minutes Algoritmos Genéticos (AGs) são métodos meta-heurísticos baseados na teoria de seleção natural de Charles Darwin e foram inicialmente propostos por J. H. Holland em 1992. AGs são procedimentos iterativos que evoluem uma população de indivíduos, onde cada indivíduo representa uma solução candidata para o problema em questão. A cada iteração, denominada…
Algoritmos genéticos na bioinformática
Reading Time: 3 minutes Algoritmos genéticos (AGs) são técnicas de otimização estocástica que não garantem a solução ótima do problema todas as vezes em que são executados, se tratando assim de um processo não-determinístico. Apesar disso, existem diversos contextos em que AGs podem ser utilizados, e a bioinformática é um exemplo. Deaven e Ho (1995)…