Categoria: Bioinformática estrutural
A Revista BIOINFO agora tem ISSN (2764-8273)
Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes Reading Time: < 1 minutes A Revista acaba de atingir os requisitos para obter um ISSN. ISSN é a sigla para International Standard Serial Number ou, na tradução, “Número Internacional Normalizado para Publicações Seriadas”. Com…
Target-based virtual screening com AutoDock Vina
Reading Time: 12 minutes A técnica de virtual screening (VS) tornou-se uma ferramenta importante para identificação de potenciais fármacos ou novos usos de fármacos já aprovados. Dentre as vantagens, a diminuição dos custos no processo de desenvolvimento de fármacos torna a ferramenta extremamente atrativa, uma vez que, são realizadas simulações computacionais da interação entre moléculas.…
A importância da preparação de estruturas na metodologia de docking molecular
Reading Time: 9 minutes As etapas de preparação do docking molecular são de extrema importância para obtenção de resultados fidedignos. Esta metodologia pode ser empregada de diversas maneiras, sendo uma delas a triagem virtual de substâncias que tem como finalidade filtrar grandes bibliotecas de compostos. Assim, o ajuste correto de parâmetros, como o provável estado…
Desvendando a ancoragem proteína-proteína
Reading Time: 7 minutes O conhecimento das interações proteína-proteína é de fundamental importância para o entendimento dos mecanismos moleculares, dos processos bioquímicos e das vias celulares. No entanto, a resolução experimental de complexos proteína-proteína é desafiadora, uma alternativa para as limitações, no número de complexos experimentais resolvidos e para o conhecimento tridimensional (3D) das interfaces…
AlphaFold e a busca pelo Santo Graal da Biologia Molecular
Reading Time: 4 minutes Recentemente, o uso de técnicas de inteligência artificial tem proporcionado um grande avanço para a solução de um problema da biologia estrutural estudado há mais de 50 anos, trazendo novas perspectivas para a compreensão de doenças e para a descoberta de novos medicamentos. No começo de 2020, o mundo científico foi…
Introdução à Triagem Virtual
Reading Time: 15 minutes A Bioinformática é uma área que, em geral, trabalha com uma grande quantidade de dados, provenientes das mais diversas fontes. A Triagem Virtual se estabelece com o objetivo de selecionar as melhores moléculas a partir de diversas técnicas computacionais (in silico), visto que a pesquisa in vitro e in vivo são…
Dinâmica molecular: como mostrar um filme completo em uma folha de papel?
Reading Time: 13 minutes Compreender como as moléculas se comportam pode ser essencial para desvendar seus mecanismos de atuação, o que pode ter diversas utilidades no campo da biologia, como por exemplo, descoberta de novos medicamentos e outros produtos biotecnológicos. Quando falamos sobre comportamento e mecanismo de ação de uma molécula, estamos nos referindo a…
Docagem molecular: em busca do encaixe perfeito e acessível
Reading Time: 8 minutes Docagem molecular é um dos métodos mais populares da modelagem molecular. Essa técnica computacional visa buscar “o encaixe perfeito” entre duas moléculas simulando assim o processo de reconhecimento molecular. A partir da predição de orientação, forma-se um complexo que pode ser usado para estimar a afinidade de ligação ou a força…
Alinhamento de estruturas 3D com PyMOL
Reading Time: 8 minutes PyMOL fornece diversos métodos para alinhamento estrutural de moléculas tanto por meio de sua interface simplificada quanto por meio de seu terminal de linhas comando. Para compreender como ele funciona na prática, vamos apresentar a seguir, uma série de estudos de caso utilizando-o para realizar alinhamentos de estruturas. Estudo de caso…
Alinhamento de estruturas 3D com TM-align
Reading Time: 5 minutes TM-align é um algoritmo desenvolvido para identificar o melhor alinhamento possível entre um par de proteínas através de uma matriz de rotação construída com o TM-Score e programação dinâmica [3]. Ele é descrito como mais rápido, com maior precisão e cobertura que algoritmos conceituados como DALI [7] e CE [8]. O…
