Autor: admin
Algoritmos Genéticos
Reading Time: 15 minutes Algoritmos Genéticos (AGs) são métodos meta-heurísticos baseados na teoria de seleção natural de Charles Darwin e foram inicialmente propostos por J. H. Holland em 1992. AGs são procedimentos iterativos que evoluem uma população de indivíduos, onde cada indivíduo representa uma solução candidata para o problema em questão. A cada iteração, denominada…
Tutorial: modelagem de proteínas usando MODELLER
Reading Time: 12 minutes Nesta seção será abordado a ferramenta MODELLER. O MODELLER é um software com vários pacotes criado por Andrej Sali e Tom L. Blundell em 1989 [14]. O MODELLER é uma ferramenta gratuita com uso restrito a linha de comando e não possui interface gráfica de usuário. Atualmente, o MODELLER utiliza a…
Modelagem de proteínas usando SWISS-MODEL
Reading Time: 4 minutes Nesta seção, será abordado a ferramenta SWISS-MODEL. Diferentemente do MODELLER, SWISS-MODEL é um servidor web que possui interface gráfica. Seu algoritmo também é diferente, pois utiliza regiões estruturais conservadas para construção dos modelos pelo método de união dos corpos rígidos. Porém, o SWISS-MODEL também parte do princípio de que proteínas homólogas…
Tutorial: modelagem de proteínas com I-TASSER
Reading Time: 6 minutes Um dos programas mais populares de Threading é o I-TASSER [28,30], que foi premiado diversas vezes na competição CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction). O I-TASSER (Figura 24) está disponível como um servidor web para predição automatizada de estrutura de proteínas e suas respectivas funções. A identificação dos moldes a…
Modelagem de proteínas ab initio com ROBETTA
Reading Time: 4 minutes A seguir, vamos utilizar o servidor web ROBETTA (http://robetta.bakerlab.org) para a modelagem de estruturas proteicas (Figura 33). O servidor utiliza a implementação automatizada do programa ROSETTA (https://www.rosettacommons.org/) no qual é possível realizar tanto modelagem comparativa quanto ab initio. A metodologia ROSETTA baseia-se em dividir a sequência em fragmentos de tamanho entre…
Os 5 passos essenciais para construção de árvores filogenéticas
Reading Time: 13 minutes Caro(a) leitor(a), esse será o primeiro de uma série de pequenos artigos com dicas em bioinformática. A iniciativa vêm da produção de conteúdos na minha página do Instagram, e a ideia é reunir uma coletânea de dicas voltadas para um determinado assunto, neste primeiro texto, falarei sobre construção de árvores filogenéticas.…
O que é ångström (Å) e quanto vale 1 Å?
Reading Time: < 1 minutes Ångström (Å) é uma unidade de medida equivalente a 10-10 m (ou seja, 1 Å = 0,0000000001 metros). Em geral, ångström é uma unidade utilizada para medidas que envolvem átomos. Curiosidades O nome é uma homenagem ao físico sueco Anders Jonas Ångström. O símbolo Å origina-se do alfabeto sueco e é composto…
Modelagem computacional de proteínas
Reading Time: 12 minutes Neste artigo, os autores apresentam uma breve descrição das técnicas de modelagem computacional de proteínas. Para uma melhor organização do artigo, o manuscrito foi dividido nas seguintes seções: introdução, métodos independentes de molde e métodos dependentes de molde. Revisão: BIOINFO – Revista Brasileira de Bioinformática. Edição #. . DOI: Neste artigo,…
Alinhamentos estruturais
Reading Time: 11 minutes Conheça os métodos de sobreposição de estruturas de macromoléculas
Alinhando estruturas por linha de comando com PyMOL
Reading Time: 3 minutes PyMOL é uma ferramenta de visualização de moléculas com uma grande quantidade de recursos em sua interface. Dentre esses recursos, se encontra o painel do terminal de linha de comandos. Por meio desse terminal é possível realizar inúmeras análises, como por exemplo, alinhamento de estruturas. Esse tipo de alinhamento pode ser…
