Autor: admin
Como começar na Bioinformática?
Reading Time: 11 minutes A Bioinformática é uma ciência que vem crescendo ao longo dos anos, o que faz com que a adesão profissional nesta área seja altamente necessária. Mas caso você esteja iniciando na área, por onde se deve começar? Como dar o pontapé inicial? Como criar uma formação multidisciplinar e buscar aprimoramento? Esse…
Alinhamento de estruturas 3D com PyMOL
Reading Time: 8 minutes PyMOL fornece diversos métodos para alinhamento estrutural de moléculas tanto por meio de sua interface simplificada quanto por meio de seu terminal de linhas comando. Para compreender como ele funciona na prática, vamos apresentar a seguir, uma série de estudos de caso utilizando-o para realizar alinhamentos de estruturas. Estudo de caso…
Alinhamento de estruturas 3D com TM-align
Reading Time: 5 minutes TM-align é um algoritmo desenvolvido para identificar o melhor alinhamento possível entre um par de proteínas através de uma matriz de rotação construída com o TM-Score e programação dinâmica [3]. Ele é descrito como mais rápido, com maior precisão e cobertura que algoritmos conceituados como DALI [7] e CE [8]. O…
Alinhamento de estruturas 3D com o software Multiprot
Reading Time: 3 minutes MultiProt é um software automatizado e eficiente para detecção de múltiplos alinhamentos estruturais de proteínas. Seu princípio básico visa encontrar os núcleos geométricos comuns entre as moléculas de entrada. Isso não exige que todas as moléculas de entrada participem do alinhamento, o que permite que o algoritmo seja mais rápido e…
Liga Brasileira de Bioinformática
Reading Time: 18 minutes Liga Brasileira de Bioinformática: Desafios para estimular a formação de estudantes de Bioinformática e Biologia Computacional Sheila Tiemi Nagamatsu, Mayla Abrahim Costa, Renato Augusto Corrêa dos Santos , Lucas Miguel de Carvalho , Neli José da Fonseca Júnior , Vinicios Henrique da Silva , Deivid Almeida de Jesus , Flávia Figueira…
Sequenciamento de Sanger
Reading Time: 7 minutes Neste artigo, as autoras apresentam uma breve descrição do método de sequenciamento de primeira geração proposto Frederick Sanger e colaboradores em 1977. O método de Sanger foi revolucionário para biologia, sendo considerado um dos primeiros métodos amplamente adotados para identificação de sequências de DNA. Boa leitura! Revisão: BIOINFO – Revista Brasileira…
Biologia e Computação: Um Casamento Perfeito
Reading Time: 5 minutes “O QUE VOCÊ GANHA QUANDO MISTURA UM CIENTISTA DA COMPUTAÇÃO COM UM BIÓLOGO?” Cada vez mais, essa “mistura” vai além de uma equipe multidisciplinar, podendo ser visto em um único cientista, o Bioinformata. Revisão: BIOINFO – Revista Brasileira de Bioinformática. Edição #. . DOI: “O que você ganha quando mistura um…
Selecionando partes de uma proteína com PyMOL (comando select)
Reading Time: 3 minutes O comando select pode ser usado no terminal de comandos do PyMOL para selecionar resíduos ou grupos de resíduos. Sintaxe: select [o que se deseja selecionar] Há várias palavras-chave que podem ser usadas na seleção, como por exemplo: resi: seleção com base no número do resíduo (e.g., select resi 20); resname:…
Genetic active site search (GASS)
Reading Time: 5 minutes Esta seção apresenta com detalhes uma metodologia para a busca de sítios catalíticos similares através de informações estruturais de proteínas. O método Genetic Active Site Search (GASS) [2] utiliza um algoritmo genético (AG) para a busca de sítios catalíticos baseados em templates. Izidoro et al. (2014) [2] definem o problema de…
Algoritmos Genéticos
Reading Time: 15 minutes Algoritmos Genéticos (AGs) são métodos meta-heurísticos baseados na teoria de seleção natural de Charles Darwin e foram inicialmente propostos por J. H. Holland em 1992. AGs são procedimentos iterativos que evoluem uma população de indivíduos, onde cada indivíduo representa uma solução candidata para o problema em questão. A cada iteração, denominada…
